Oι αρχές της μινωικής δόμησης έρχονται σε αντίθεση με την αρχιτεκτονική της Aρχαιότητας, η οποία χαρακτηριζόταν από συμμετρία, λιτότητα και σαφήνεια των περιγραμμάτων. H αρχιτεκτονική της μινωικής Kρήτης είναι πολύπλοκη και σκοτεινή στην ερμηνεία της. Τα χαρακτηριστικά της γνωρίσματα εμφανίστηκαν κατά τη Μεσομινωική εποχή (1900 π.Χ.) μέσα από μια σειρά αρχιτεκτονικών καινοτομιών, όπως οι κίονες, οι φωταγωγοί, τα πολύθυρα και η προσθήκη ορισμένων αρκετά ιδιόρρυθμων στοιχείων, όπως τα θυρώματα κοντά σε γωνίες, η εναλλαγή κιόνων και πεσσών και οι σκάλες που έστριβαν από όροφο σε όροφο.
Τα στοιχεία της ανακτορικής αρχιτεκτονικής επαναλαμβάνονται στις επαύλεις και τις ιδιωτικές κατοικίες, οι οποίες μοιάζουν συχνά με μικρογραφίες των ανακτόρων. Τα ιδιωτικά κτήρια είναι απλούστερα στο σχεδιασμό τους αλλά και σ' αυτά ισχύει η ασυμμετρία των προσόψεων, η ποικιλία του ύψους της στέγης και η διαίρεση σε χώρους καθορισμένων χρήσεων. Η βασική τους μορφολογική διαφορά από τα ανάκτορα βρίσκεται στην απουσία της κεντρικής αυλής και στην έλλειψη κεντρικού άξονα, ενός στοιχείου που διατηρήθηκε και στα ιδιωτικά κτήρια της Αρχαιότητας. Σε ορισμένα ιδιωτικά μεσομινωικά συγκροτήματα, αλλά κυρίως στα ανάκτορα, φαίνεται ότι τα μινωικά οικοδομήματα ήταν συχνά συγκροτήματα που είχαν δημιουργηθεί με διαδοχικές προσθήκες νέων κτισμάτων. Η πολυπλοκότητα και η διάθεση για συνεχείς επεκτάσεις δε σημαίνει όμως ότι δεν είχε προηγηθεί ένας αρχικός σχεδιασμός. Αυτό φαίνεται καλύτερα στα άριστα σχεδιασμένα συστήματα αποχέτευσης και εξαερισμού και στο σύστημα διαδρόμων που επέτρεπε την άνετη διακίνηση στο εσωτερικό.

H μινωική αρχιτεκτονική διαπνέεται από τις ίδιες αισθητικές αρχές που κυριαρχούν και στη μινωική τέχνη. Τα πολύθυρα και οι φωταγωγοί δημιουργούσαν παντού έντονες φωτοσκιάσεις, ενώ η χρωματική ποικιλία και η πλούσια διακόσμηση προκαλούσαν μια ατμόσφαιρα διαρκούς κίνησης. Η εξωτερική όψη των κτηρίων με τις μνημειώδεις εισόδους και τις στέγες σε διάφορα ύψη ήταν εντυπωσιακή και συγχρόνως γραφική. Οι εξωτερικοί όγκοι διαλύονταν στο φως και το χρώμα, τα περιγράμματα ήταν χαλαρά και απόλυτα προσαρμοσμένα στο φυσικό χώρο.

Λόγω της έλλειψης κανονικότητας στο σχεδιασμό των μινωικών κτηρίων είναι πολύ δύσκολο να προσδιορισθεί αν οι αρχιτέκτονες της μινωικής Κρήτης χρησιμοποιούσαν ένα σταθερό σύστημα μέτρησης των αποστάσεων. Ο σχεδιασμός των κτηρίων γινόταν μάλλον με άρτια μέτρα. Οι ειδικές μελέτες που έγιναν στα ανάκτορα έδειξαν την ύπαρξη ενός συγκεκριμένου συστήματος μέτρησης σ' αυτά, η μονάδα του οποίου πρέπει να ήταν ανάλογη με τον πόδα, το σταθερό μέτρο που χρησιμοποιούσαν και στην Αρχαιότητα. Ο μινωικός πους θα πρέπει να ισοδυναμούσε με 30,36 εκατοστά και οι υποδιαιρέσεις του ακολουθούσαν μάλλον το εξαδικό σύστημα. Είναι πολύ πιθανό ότι το μινωικό σύστημα μέτρησης των αποστάσεων υιοθετήθηκε αργότερα και από τους Μυκηναίους.