Μετά την κατάληψη του Λυδικού βασιλείου από τους Πέρσες, στα τέλη του 6ου αιώνα π.Χ., οι πόλεις της Ιωνίας έγιναν φόρου υποτελείς σε αυτούς, οι οποίοι και επέβαλαν τυράννους ως τοποτηρητές της εξουσίας τους. Οι ιωνικές πόλεις φαίνεται ότι συνέχισαν να ευημερούν, καθώς αποτελούσαν τη φυσική διέξοδο της μικρασιατικής ενδοχώρας. Ίσως, όμως, οι φόροι που επέβαλε ο Δαρείος, για να χρηματοδοτήσει την εκστρατεία του εναντίον των Σκυθών και την αναδιοργάνωση της αυτοκρατορίας, καθώς και η διακυβέρνηση των τυράννων να προκάλεσαν δυσαρέσκεια στους κατοίκους της Ιωνίας. Κατά τον Ηρόδοτο, ο τύραννος της Μιλήτου Αρισταγόρας προέτρεψε το σατράπη Αρταφέρνη να εκμεταλλευτεί την έκκληση των αριστοκρατικών της Νάξου, για να καταλάβει το νησί. Ο φόβος, ωστόσο, των επιπτώσεων σε περίπτωση αποτυχίας της επιχείρησης τον οδήγησε να συγκαλέσει την άνοιξη του 499 π.Χ. συνέλευση των εκπροσώπων των ελληνικών πόλεων της δυτικής Μικράς Ασίας. Στο συνέδριο αυτό οι εκπρόσωποι των Ιωνικών πόλεων κήρυξαν την επανάσταση, καταλύοντας παράλληλα τα τυραννικά καθεστώτα.