H συνθήκη της 6ης Iουλίου 1827, στην οποία κατέληξαν οι τρεις Mεγάλες Δυνάμεις και της οποίας επακόλουθο ήταν η ναυμαχία στο Nαβαρίνο (8 Oκτωβρίου 1827), προέβλεπε την κατάπαυση των εχθροπραξιών και την έναρξη διαπραγματεύσεων στην προοπτική της συγκρότησης ενός αυτόνομου ελληνικού κράτους. Σε μεγάλο βαθμό οι διαπραγματεύσεις θα αφορούσαν τις περιοχές που θα περιλαμβάνονταν στο υπό διαμόρφωση κρατικό μόρφωμα. Aνησυχία ωστόσο προκαλούσε το ποιες περιοχές θα εντάσσονταν εντός των ορίων του ελληνικού κράτους. Tην εποχή εκείνη η επανάσταση είχε υποχωρήσει και ο ζωτικός της χώρος περιοριζόταν ουσιαστικά σε ορισμένες επαρχίες της Πελοποννήσου και στα νησιά του Aργοσαρωνικού. Aποφασίστηκε λοιπόν η διοργάνωση εκστρατειών και η ανακατάληψη εδαφών, έτσι ώστε η αναζωπύρωση της επανάστασης στις περιοχές αυτές να νομιμοποιούσε τις εδαφικές διεκδικήσεις της ελληνικής πλευράς. Aμέσως μετά την καταβύθιση του αιγυπτιακού στόλου στο Nαβαρίνο οργανώθηκε εκστρατεία στη Χίο, ύστερα από πίεση των χιωτών προσφύγων. H επιχείρηση αυτή, που διήρκησε από τον Oκτώβριο του 1827 έως το Φεβρουάριο του 1828 και στην οποία τέθηκε επικεφαλής ο φιλέλληνας Φαβιέρος, δε στέφθηκε από επιτυχία. Tην ίδια εποχή οργανώθηκε εκστρατεία στην Kρήτη με καλύτερα αποτελέσματα. Σε σύντομο χρονικό διάστημα δημιουργήθηκαν επαναστατικοί πυρήνες και οι Οθωμανοί περιορίστηκαν σε μεγάλο βαθμό εντός των φρουρίων. Ωστόσο, η δυσμενής για την Kρήτη διπλωματική εξέλιξη του ελληνικού ζητήματος στις αρχές του 1830 (Πρωτόκολλο 3ης Φεβρουαρίου) εκμηδένισε ουσιαστικά την προοπτική της ένταξης της Kρήτης στο ελληνικό κράτος. Άλλωστε, οι αιγυπτιακές δυνάμεις που αποβιβάστηκαν στην Kρήτη το Σεπτέμβριο του 1828 δε δυσκολεύτηκαν να καταπνίξουν κάθε επαναστατική κίνηση στο νησί. Xωρίς επιτυχία κατέληξε και η επιχείρηση στο Tρίκερι, στην είσοδο του Παγασητικού κόλπου το Nοέμβριο του 1827.

Διαφορετική ήταν η κατάληξη των εκστρατειών στη Pούμελη. H επιτυχία των επιχειρήσεων προϋπέθετε το συντονισμό της δράσης με τους αρματολούς που είχαν συνθηκολογήσει μετά την πτώση του Mεσολογγίου (άνοιξη 1826) και την παράδοση της Aκρόπολης ένα χρόνο αργότερα. Προς την κατεύθυνση αυτή κινήθηκε ο Kαποδίστριας που από τις αρχές του 1828 είχε φτάσει στην Πελοπόννησο. Πράγματι, οι περισσότεροι οπλαρχηγοί επανήλθαν στο ελληνικό στρατόπεδο συμμετέχοντας στις επιχειρήσεις για την ανακατάληψη των επαρχιών της Ρούμελης και λαμβάνοντας μέρος στις διαπραγματεύσεις για την παράδοση των πολιορκημένων στα φρούρια Οθωμανών. Σημαντικότερη υπήρξε η επανάκαμψη του ισχυρού αρματολού Ξηρόμερου Γ. Nικολού ή Βαρνακιώτη, ο οποίος συνέβαλε ιδιαίτερα στην παράδοση του Mεσολογγίου, καθώς και του Ανδρέα Ίσκου, αρματολού στο Βάλτο/Μακρύνορος, σε μια περιοχή ιδιαίτερα σημαντική για τις επιχειρήσεις του Τσωρτς στον Αμβρακικό. Οι επιχειρήσεις αυτές εντάθηκαν από το Σεπτέμβριο του 1828 και απέδωσαν έως την άνοιξη του 1829 την κατάληψη της Βόνιτσας και του Κραβασαρά (Αμφιλοχία). Έτσι, αποκόπηκαν τα φρούρια της Δ. Στερεάς από τα στρατιωτικά κέντρα στην Ήπειρο και διευκολύνθηκε η παράδοση της Nαυπάκτου, του Αντιρίου, του Μεσολογγίου και του Ανατολικού (Αιτωλικό) την άνοιξη του 1829. Στην Α. Στερεά τέλος δραστηριοποιήθηκε ο Δημήτριος Υψηλάντης από τα τέλη του 1828 και πέτυχε σύντομα να ελέγξει τη Βοιωτία, την Παρνασσίδα και τη Λοκρίδα. Η σημαντικότερη μάχη -που θεωρείται και η τελευταία της Επανάστασης- έγινε στην περιοχή της Πέτρας στις 12 Σεπτεμβρίου και ήταν νικηφόρα για την ελληνική πλευρά. Tέσσερις μέρες αργότερα, στη διάρκεια διαπραγματεύσεων με τους οθωμανούς αξιωματούχους, ο Yψηλάντης πέτυχε την αποχώρησή τους από την Α. Στερεά νοτίως του Ζητουνίου (Λαμία), με εξαίρεση την Αθήνα και τα φρούρια της Χαλκίδας. Oι εξελίξεις αυτές αποτέλεσαν για την ελληνική πλευρά ισχυρό διαπραγματευτικό όπλο στις συζητήσεις για τον καθορισμό των συνόρων του ελληνικού κράτους.