Η δυσαρέσκεια των πολιτικών παραγόντων από την πολιτική του Καποδίστρια άρχισε να μορφοποιείται σε οργανωμένη αντιπολιτευτική δράση ιδίως μετά τη Δ' Εθνοσυνέλευση (καλοκαίρι 1829). Στην εθνοσυνέλευση αυτή επιβεβαιώθηκαν η αναστολή του συντάγματος, η κατάργηση της Βουλής και η συγκέντρωση όλων των εξουσιών στον Κυβερνήτη. Με άλλα λόγια, επιβεβαιώθηκε η περιθωριοποίηση των πολιτικών φατριών που έως τότε κυριαρχούσαν διαδοχικά στην πολιτική ζωή. Παρότι ο Καποδίστριας φάνηκε στην αρχή να τηρεί προς όλους ουδέτερη και δύσπιστη στάση, σταδιακά προσέγγισε τον Κολοκοτρώνη και τη φατρία του, που πλαισίωσαν την ηγετική ομάδα η οποία είχε ήδη συγκροτηθεί από συγγενείς και ανθρώπους της εμπιστοσύνης του Κυβερνήτη. Η προσέγγιση αυτή οδήγησε σταδιακά στη δημιουργία ενός "καποδιστριακού" ή, αλλιώς "κυβερνητικού" πολιτικού σχηματισμού, ενόσο οι κατακερματισμένες ομάδες της αντιπολίτευσης συσπειρώνονταν και συντόνιζαν τη δράση τους. Παρόμοια, αν και αρχικά προσπάθησε να αποτινάξει τη φήμη του ρωσόφιλου, η πρόσδεσή του στη Ρωσία γινόταν ολοένα και ισχυρότερη, ενόσω οι πρεσβευτές της Αγγλίας και της Γαλλίας τηρούσαν ουδέτερη στάση ή προσέγγιζαν την αντιπολίτευση.

Η Ύδρα και η Μάνη αποτέλεσαν τα σημαντικότερα κέντρα της αντιπολίτευσης και από τις αρχές του 1830 η εξουσία του Κυβερνήτη ήταν εκεί μάλλον τυπική. Περιοχές με προνομιακό οικονομικό και διοικητικό καθεστώς τόσο κατά την Οθωμανική περίοδο όσο και στη διάρκεια της επανάστασης αποτέλεσαν πηγή έντασης και στασιαστικών κινημάτων. Η Μάνη, προπύργιο της οικογένειας Μαυρομιχάλη, βρισκόταν διαρκώς σε κατάσταση αναταραχής από την άνοιξη του 1830. Σημειώθηκαν αρκετές εξεγέρσεις, με σημαντικότερη εκείνη του καλοκαιριού του 1831, οπότε καταλήφθηκε η Καλαμάτα. Το κίνημά τους ήταν μάλλον "παραδοσιακό", με την έννοια ότι στόχευε στη διατήρηση των ιδιαίτερων προνομίων της περιοχής. Παρόμοιες αιτίες θα οδηγήσουν τους Μανιάτες στην πρώτη ένοπλη εξέγερση που σημειώθηκε στη διάρκεια της βασιλείας του Όθωνα (1834). Στην Ύδρα, όπου κυριαρχούσε η οικογένεια Κουντουριώτη, είχαν συγκεντρωθεί οι μοραΐτες και οι νησιώτες πρόκριτοι καθώς και ο Αλ. Μαυροκορδάτος. H αντιπολιτευτική τους κίνηση προσανατολιζόταν, στην αρχή τουλάχιστον, στην ανατροπή της καποδιστριακής πολιτικής με την περιστολή των εξουσιών του Κυβερνήτη και την υπαγωγή του σε συνταγματικό έλεγχο. Ακραία εκδήλωση των "συνταγματικών" υπήρξε η κατάληψη του ναύσταθμου στον Πόρο από το Μιαούλη και η πυρπόληση μέρους του ελληνικού στόλου το καλοκαίρι του 1831. Με τους "συνταγματικούς" συμπορευόταν και ο Ι. Κωλέττης, στον οποίο αποδίδεται το περιορισμένης έκτασης στρατιωτικό κίνημα του Τσάμη Καρατάσου στην Α. Στερεά το καλοκαίρι του 1830. Η δολοφονία του Καποδίστρια στις 27 Σεπτεμβρίου 1831 στο Νάυπλιο από δυο μέλη της οικογένειας Μαυρομιχάλη επέτεινε την ένταση και κλιμάκωσε την αντιπαράθεση. Οι δύο πλευρές επιδόθηκαν σ' ένα νέο γύρο ένοπλων συγκρούσεων που τερματίστηκαν τις παραμονές της άφιξης του Όθωνα και των μελών της Αντιβασιλείας τον Ιανουάριο του 1833.