Το 1214 η Αυτοκρατορία της Τραπεζούντας καταλάμβανε το χώρο ανατολικά της Σινώπης μέχρι τη μυθική Κολχίδα. Μεγάλα κέντρα της ήταν οι ήδη από την Αρχαιότητα γνωστές πόλεις Οίναιον/Οινόη, Λίμνια, Κερασούς, Τρίπολις, Ρίζαιον και προφανώς η ίδια η Τραπεζούντα. Η αυτοκρατορία φαίνεται ότι δεν επεκτάθηκε πολύ βαθιά στην ενδοχώρα του Εύξεινου Πόντου, πέρα από τις Ποντικές Άλπεις, αν και κατά καιρούς είχαν περιέλθει στην εξουσία της και κάποιες πόλεις του εσωτερικού του Πόντου. Αντίθετα, ανήκαν στην επικράτειά της ορισμένα τμήματα του παλαιού θέματος Χερσώνος στην περιοχή της Κριμαίας.
Οι Μεγάλοι Κομνηνοί από την αρχή οργάνωσαν το κράτος τους ακολουθώντας τα πρότυπα της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας των Κομνηνών του 11ου και του 12ου αιώνα. Ήδη η επωνυμία της ποντιακής δυναστείας "Μεγάλοι Κομνηνοί" φανέρωνε τις προθέσεις τους. Οι αυτοκράτορες χρησιμοποίησαν στην αρχή τον επίσημο βυζαντινό αυτοκρατορικό τίτλο· ο ιδρυτής του κράτους, ο Αλέξιος Α΄, ονομάστηκε "πιστός βασιλεύς και αυτοκράτωρ Ρωμαίων", καθώς η Κωνσταντινούπολη είχε από το 1204 πέσει στα χέρια των Λατίνων.
Μετά όμως το 1261, οπότε οι Παλαιολόγοι επανήλθαν στην Κωνσταντινούπολη, οι Μεγαλοκομνηνοί αναγκάστηκαν να αλλάξουν τον τίτλο τους. Ο αυτοκράτορας της Τραπεζούντας έγινε πια ο "πιστός βασιλεύς και αυτοκράτωρ πάσης Ανατολής, Ιβήρων και Περατείας"· "πάσης Ανατολής", για να υπογραμμίζεται η βυζαντινή μικρασιατική κληρονομιά της Τραπεζούντας· "Ιβήρων", για να υπενθυμίζεται η συγγένεια και η πατροπαράδοτη φιλία των δύο δυναστικών οίκων, της Γεωργίας και της Τραπεζούντας, αλλά και το γεγονός ότι κάποτε έλεγχαν ένα μέρος της Ιβηρίας· "Περατείας", τέλος, για να μνημονεύεται η κυριαρχία στη χερσόνησο της Κριμαίας, στις απέναντι από την Τραπεζούντα ακτές.
Πολλά αξιώματα και τίτλοι της αυλής και του στρατού της Τραπεζούντας πηγάζουν από τα αντίστοιχα βυζαντινά, ενώ άλλα δημιουργήθηκαν ειδικά για την Αυτοκρατορία της Τραπεζούντας. Στον τομέα της περιφερειακής διοίκησης συνεχίστηκε, σε γενικές γραμμές, η διοικητική οργάνωση της εποχής των Κομνηνών, αν και σε κάποια θέματα διακρίνεται έντονη η επίδραση της Ιβηρίας, χώρας με έντονο φεουδαρχικό προσανατολισμό. Η επικράτεια χωριζόταν σε βάνδα. Με βεβαιότητα γνωρίζουμε την ύπαρξη των βάνδων της Γημωράς, της Παλαιοματζούκας, της Ματζούκας (Ματζουκάων), της Τρικωμίας, της Χώρας, της Σουσούρμαινας (των Σουρμένων), ενώ ιδιαίτερο βάνδο θα πρέπει να αποτελούσε η πρωτεύουσα της αυτοκρατορίας, η Τραπεζούντα. Επικεφαλής του βάνδου ήταν ο δούκας, ο οποίος συγκέντρωνε την πολιτική και στρατιωτική εξουσία, ενώ παράλληλα κατηύθυνε τους οικονομικούς υπαλλήλους και έλεγχε τους δικαστές. Το έργο του υποβοηθούνταν από επιμέρους αξιωματούχους των διάφορων κλάδων. Ιδιάζοντα διοικητικά καθεστώτα εμφανίστηκαν σε κάποιες περιοχές της αυτοκρατορίας, όπως τα Λίμνια ή η Κερασούς, ενώ ιδιαίτερο καθεστώς θα πρέπει να είχαν οι κωμοπόλεις ή πόλεις που αναφέρονται ως "κάστρα", όπως ο Κεγχρινάς, η Κορδύλη και η Γόλαχα.
Αξιοσημείωτη περίπτωση για την Αυτοκρατορία της Τραπεζούντας αποτελούσαν οι τοπικοί παράγοντες, γνωστοί ως "συμβιβαστές ή γέροντες", οι οποίοι έπαιζαν σπουδαίο ρόλο σε θέματα απονομής δικαιοσύνης και έχαιραν μεγάλης εκτίμησης και σεβασμού από το σύνολο του λαού. Οι πηγές είναι ιδιαίτερα εύγλωττες ως προς αυτό: τους χαρακτηρίζουν "αξιότιμους", "ειρηνοποιούς" και "βασιλικούς".