Μια από τις σημαντικότερες αλλά και πλέον σκοτεινές περιπτώσεις συνωμοσιών στα πρώτα χρόνια μετά την εγκαθίδρυση του ελληνικού κράτους υπήρξε εκείνη που αποδίδεται στη Φιλορθόδοξο Εταιρεία. H αποκάλυψή της έγινε ύστερα από καταγγελίες ενός συνωμότη, ο οποίος παρέδωσε στις αρχές έγγραφα που ενοχοποιούσαν τον παλαίμαχο οπλαρχηγό Νικήτα Σταματελόπουλο, γνωστό ως Νικηταρά, και το Γεώργιο Καποδίστρια, μικρότερο αδελφό του Κυβερνήτη. Σύμφωνα με τις καταγγελίες, στη συνωμοσία εμπλέκονταν τα σημαντικότερα στελέχη των Ναπαίων (του φιλορωσικού δηλαδή κομματικού σχηματισμού) καθώς και πολλά μέλη της ρωσικής διπλωματικής αποστολής στην Ελλάδα. Καταγγέλθηκε ακόμη ότι προετοιμάζονταν η σύλληψη του Όθωνα και ο εξαναγκασμός του ή σε προσχώρηση στην Ορθοδοξία ή σε παραίτηση. Σύμφωνα με τις καταγγελίες, η ενέργεια σε βάρος του Όθωνα θα πραγματοποιούνταν κατά τη διάρκεια της δοξολογίας για το νέο έτος (1840).

Η Φιλορθόδοξος Εταιρεία φαίνεται ότι δημιουργήθηκε τον Ιούνιο του 1839 και σε αυτήν συμμετείχαν οι σημαντικότερες προσωπικότητες των Ναπαίων. Γενικότερες επιδιώξεις της υπήρξαν η δημιουργία απελευθερωτικών κινημάτων στην Ήπειρο, τη Θεσσαλία και τη Μακεδονία, η ενίσχυση της Ορθοδοξίας (κατάργηση της ρύθμισης για το εκκλησιαστικό ζήτημα, προσχώρηση του βασιλιά και των μελών της βασιλικής οικογένειας στο ορθόδοξο δόγμα και απαγόρευση των αλλόδοξων θρησκευτικών αποστολών στο ελληνικό κράτος) και η αποκλειστική παρουσία αυτοχθόνων στις πολιτικές, διοικητικές και στρατιωτικές θέσεις. H οργάνωση της Eταιρείας θύμιζε κατά πολύ το συνωμοτικό τρόπο δράσης των Φιλικών. Τα μέλη γίνονταν δεκτά κατόπιν μύησης και υπήρχαν τρεις βαθμίδες μελών. Ανάλογα με τη θέση του καθενός διαβαθμίζονταν και οι πληροφορίες που του δίνονταν σχετικά με τους σκοπούς της Εταιρείας (αλυτρωτισμός, προστασία Ορθοδοξίας, συνομωσία). Φαίνεται τέλος ότι έως τα τέλη του 1839, οπότε και η ύπαρξη της Φιλορθοδόξου Εταιρείας αποκαλύφθηκε, τα μέλη της δεν είχαν καταλήξει σε κάποιο συγκεκριμένο σχέδιο δράσης. Η αποκάλυψη της συνομωσίας οδήγησε στη σύλληψη του Νικηταρά και του Γ. Καποδίστρια, τα άλλα μέλη ωστόσο πρόλαβαν και κατέστρεψαν έγγραφα και όποιο άλλο στοιχείο μπορούσε να θεωρηθεί ενοχοποιητικό. Παρά τη στενή παρακολούθηση διακεκριμένων Ναπαίων (Γενναίος Κολοκοτρώνης, Ιωάννης του Γκούρα Mαμούρης, Γεώργιος Γλαράκης) στη δίκη δεν υπήρχαν ενοχοποιητικά στοιχεία όχι για τη συνωμοσία αλλά ούτε καν για τη σύσταση μυστικής εταιρείας. Έτσι, οι κατηγορούμενοι αθωώθηκαν.

H σύσταση της Εταιρείας εγγράφεται σε έναν τύπο αντιπολιτευτικής πρακτικής (συνωμοσία) που εμφανίζεται συχνά στην ελληνική πολιτική ζωή, ιδίως κατά το πρώτο μισό του 19ου αιώνα. Ωστόσο, η σημασία της συγκεκριμένης κίνησης υπερβαίνει το πεδίο της πολιτικής. Συγκεκριμένα, υποδεικνύει τη δυναμική ενός ρεύματος που εναντιωνόταν στον εκσυγχρονισμό της ελληνικής κοινωνίας προβάλλοντας την ανάγκη προάσπισης των παραδοσιακών αξιών και πρώτιστα της παραδοσιακής θρησκευτικής λατρείας. O λόγος αυτός που ρίζωσε ιδιαίτερα στον αγροτικό χώρο, έγινε ιδιαίτερα εμφανής τόσο στη διαμάχη για το εκκλησιαστικό ζήτημα όσο και στις εξεγέρσεις που σημειώθηκαν κατά τις πρώτες δεκαετίες από την εγκαθίδρυση του ελληνικού κράτους, ενώ ταυτόχρονα εγκολπώθηκε τη Mεγάλη Iδέα και τον αλυτρωτισμό.