Η Φαιστός βρίσκεται στο κέντρο της εύφορης κοιλάδας της Μεσαράς. Το ανάκτορό της θεωρείται το αισθητικά αρτιότερο από τα μινωικά ανάκτορα, αν όχι από όλα τα ανάκτορα της Μέσης Ανατολής. Βρίσκεται σε ένα τεχνητά ισοπεδωμένο λόφο, στοιχείο που αποτελεί εξαίρεση, συγκρινόμενο με τα υπόλοιπα. Οι λόγοι οικοδόμησής του σε αυτή τη θέση δεν αναζητούνται τόσο στην ανάγκη ασφάλειας, όσο στο κύρος που έδινε η πανοραμική θέα της κοιλάδας και της ιερής κορυφής της Ίδης.

Το πρώτο ανάκτορο της Φαιστού κτίστηκε γύρω στο 2000 π.X. με ενιαίο αρχιτεκτονικό σχεδιασμό. Τα λείψανα αυτού του πρώτου ανακτόρου διατηρούνται πολύ καλύτερα από τα αντίστοιχα της Κνωσού. Από το συνολικό χαρακτήρα της εγκατάστασης, τα κλιμακοστάσια και τα πεσμένα οικοδομικά και διακοσμητικά υλικά είναι βέβαιη η ύπαρξη ενός δευτέρου ορόφου, ενώ δεν αποκλείεται και η ύπαρξη τρίτου.

Στα δυτικά του ανακτόρου δύο αυλές που συνδέονταν μεταξύ τους με πλατιές σκάλες αποτελούν το θεατρικό χώρο του ανακτόρου. Από εκεί μια πολύ πλατιά σκάλα οδηγούσε σε διαδοχικούς προθαλάμους με κιονοστοιχίες και ένα φωταγωγό. Από εκεί μπορούσε κανείς να οδηγηθεί στην κεντρική αυλή ή σε έναν περίστυλο χώρο.
Ανάμεσα στην κεντρική είσοδο και την κεντρική αυλή υπήρχαν δύο σειρές αποθηκών με κοινό προθάλαμο. Στη βόρεια πλευρά της κεντρικής αυλής βρισκόταν μία μικρότερη πλακοστρωμένη αυλή και ένας στενός διάδρομος, ενώ δυτικότερα βρισκόταν μία άλλη, στεγασμένη. Τα διαμερίσματα της εισόδου στην κεντρική αυλή ήταν στρωμένα με πλάκες και είχαν ένα δεύτερο όροφο. Στα ανατολικά αυτού του τμήματος υπήρχε ένα πολύθυρο. Στο εσωτερικό της κεντρικής αυλής μάλλον ήταν αναρτημένοι ιστοί σημαιών, ανάλογοι με εκείνους που αποδίδονται στην ανάγλυφη παράσταση του ρυτού της Ζάκρου, ενώ στο κέντρο της ανατολικής βρισκόταν ένας κλίβανος.
Στη βόρεια πτέρυγα του ανακτόρου βρίσκονταν τα βασιλικά διαμερίσματα, η πρόσβαση στα οποία γινόταν από σκάλα που ξεκινούσε από μία περίστυλη αυλή. Στην ανατολική πτέρυγα παρατηρείται παρόμοια διάταξη με τα βασιλικά διαμερίσματα που θα ήταν κατάλληλα για κατοίκηση τους χειμερινούς μήνες. Εκεί βρισκόταν μία μεγάλη αίθουσα που διέθετε δικό της λουτρό και στεγασμένη βεράντα και ονομάζεται συμβατικά δωμάτιο της βασίλισσας. Τα υπόλοιπα δωμάτια της ανατολικής πτέρυγας προορίζονταν μάλλον, όπως στην Κνωσό και τα Μάλια, για το υπηρετικό προσωπικό και διέθεταν δική τους, ανεξάρτητη έξοδο.
Μία σειρά κιόνων στη δυτική πτέρυγα δείχνει την ύπαρξη ενός τεράστιου δωματίου με μεσημβρινό προσανατολισμό. Η γυψολιθική επένδυση των τοίχων και του δαπέδου, καθώς και οι κόγχες σε τρεις από τους τοίχους του, υποδηλώνουν τη λειτουργία ενός πολύ σημαντικού χώρου. Δύο άλλα δωμάτια είχαν λατρευτική χρήση, ενώ δύο χώροι με ατομικά λουτρά και κοινή αίθουσα έχουν χαρακτηριστεί ως δωμάτια φιλοξενίας.