Ένα από τα βασικά τμήματα του Iδρύματος είναι το τμήμα Ιστορίας, το οποίο συγκεντρώνει μεγάλο αριθμό νέων επιστημόνων από διάφορους επιστημονικούς κλάδους: προϊστορικοί και κλασικοί αρχαιολόγοι, βυζαντινολόγοι, οθωμανολόγοι, ιστορικοί της τέχνης, ιστορικοί-κοινωνιολόγοι και κοινωνικοί ανθρωπολόγοι.

Το επιστημονικό υπόβαθρο των μελών του τμήματος είναι ιδιαίτερα υψηλό: πρόκειται για εξειδικευμένους επιστήμονες, με μεταπτυχιακούς ή διδακτορικούς τίτλους σπουδών, με συγγραφικό, ερευνητικό και διδακτικό έργο γνωστό και αναγνωρισμένο από τα μέλη της επιστημονικής κοινότητας.

Αυτό που διαφοροποιεί την εργασία του τμήματος Ιστορίας από άλλα ερευνητικά και ακαδημαϊκά ιδρύματα είναι η προσήλωση στην αξιοποίηση της ιστορικής και πολιτισμικής πληροφορίας για την ελληνική ιστορία και τον πολιτισμό στη διαχρονία σε συνδυασμό με την εφαρμογή των πιο προωθημένων νέων τεχνολογιών.

Κύριο πεδίο δράσης του τμήματος είναι η συγκέντρωση και επιστημονική επεξεργασία της ιστορικής πληροφορίας, που στη συνέχεια αξιοποιείται, σε στενή συνεργασία με άλλα τμήματα του ΙΜΕ. Σ' αυτό το πλαίσιο, το τμήμα Ιστορίας συμμετέχει ενεργά:

  1. Στις οπτικοποιήσεις ιστορικών μνημείων και σχεδίων πόλεων της Aρχαιότητας σε δισδιάστατα και τρισδιάστατα μοντέλα (π.χ. Μίλητος, Πριήνη, εργαστήριο του Φειδία στην Oλυμπία). Τα μοντέλα αυτά αξιοποιούνται στη συνέχεια είτε για την παραγωγή ψηφιακών γραφικών είτε σε περιβάλλοντα Eικονικής Πραγματικότητας.
  2. Στην παραγωγή εκπαιδευτικών διαδραστικών δίσκων (CD-ROM) με ιστορικό περιεχόμενο (π.χ. «O μαγικός περίπατος του Zαχαρία Aπορία στους Δελφούς», «Mυστήριο στην Aρχαία Mίλητο», «Aναζητώντας το Mέγα Aλέξανδρο»).
  3. Στη δημιουργία δικτυακών κόμβων, οι οποίοι πραγματεύονται ζητήματα ελληνικής ιστορίας (π.χ. Ελληνική Ιστορία στο Διαδίκτυο, το πρόγραμμα «Πόλεις», Εγκυκλοπαίδεια Μικρασιατικού Ελληνισμού, Oλυμπιακοί Aγώνες).
  4. Στην υλοποίηση των εκθέσεων που πραγματοποιούνται στον «Ελληνικό Κόσμο». Tο πιο πρόσφατο παράδειγμα αποτελεί η έκθεση που τώρα ετοιμάζεται με τίτλο «Ταξίδι στον Κόσμο των Αρχαίων Ελληνικών Μαθηματικών».
  5. Στην υλοποίηση ερευνητικών προγραμμάτων εντεταγμένων σε ευρωπαϊκά προγράμματα (όπως τα M-Piro, E-Culture, Medina, Create), τα οποία αφορούν κυρίως στην ανάπτυξη των νέων τεχνολογιών και στην αξιοποίησή τους στην έρευνα αλλά και στην παρουσίαση και διάδοση της ιστορικής-πολιτισμικής πληροφορίας.

 Τα μέλη του τμήματος, τέλος, συντονίζουν τις επαφές με εξωτερικούς συνεργάτες του Ιδρύματος και παρακολουθούν τις αντίστοιχες εργασίες, εφόσον αυτές έχουν ιστορικό περιεχόμενο. O προβληματισμός σχετικά με την αξιοποίηση των νέων τεχνολογιών για εκπαιδευτικούς και ερευνητικούς σκοπούς, και συγκεκριμένα για τη διάδοση της ιστορικής πληροφορίας παρουσιάζεται μέσα από τις σελίδες του ΙΜΕρου, του ετήσιου περιοδικού που εκδίδει το ΙΜΕ με θέμα τον πολιτισμό και την τεχνολογία. Μέλη του τμήματος συμμετέχουν ενεργά τόσο στη συντακτική επιτροπή του περιοδικού, όσο και με άρθρα που δημοσιεύονται κατά καιρούς στις σελίδες του. Στο πλαίσιο αυτό εξάλλου, οι ιστορικοί του τμήματος συμμετέχουν, μαζί με άλλους διακεκριμένους επιστήμονες, στις επιστημονικές ημερίδες που διοργανώνει η συντακτική επιτροπή του περιοδικού, όπως η ημερίδα «Πολιτισμός - Νέες Τεχνολογίες - Εκπαίδευση», που διεξήχθη στον «Ελληνικό Κόσμο» το Μάιο του 2002. Το τμήμα Ιστορίας συμβάλλει επίσης στην προετοιμασία των συνεδρίων που διοργανώνει το ΙΜΕ, με πρώτο σε χρονική ακολουθία το Συνέδριο για την Πολιτισμική Σύγκλιση και την Ψηφιακή Τεχνολογία, που θα πραγματοποιηθεί το Μάιο του 2003.

Βέβαια, δεν αγνοούνται και οι «παραδοσιακές» μορφές επιστημονικής παραγωγής. Το τμήμα συμμετέχει στην παραγωγή έντυπων εκδόσεων του ΙΜΕ με ιστορικό περιεχόμενο (π.χ. «Πριήνη», έκδοση για την εγκατάσταση των προσφύγων από τη Μικρά Ασία στην Ελλάδα του Mεσοπολέμου, Βιβλιογραφία της Μικράς Ασίας κατά την Aρχαιότητα, «Henri-Paul Boissonnas: Μικρά Ασία 1921»). Και σ' αυτή την περίπτωση οι συγγραφείς δεν προέρχονται αποκλειστικά και μόνο από το τμήμα Ιστορίας ή από το ΙΜΕ. Αντιθέτως, όπου αυτό κρίνεται αναγκαίο, επιδιώκεται η συνεργασία με γνωστούς ειδικούς για τα συγκεκριμένα ζητήματα. Σε αυτό το σημείο θα πρέπει να γίνει λόγος και για συνεργασίες, προς την κατεύθυνση των εκδόσεων, με ερευνητικούς φορείς (σειρά εκδόσεων με το Harvard University Press) και ιδρύματα (Μουσείο Μπενάκη). Το τμήμα Ιστορίας διαχειρίζεται επίσης τις συνεργασίες του ΙΜΕ με ακαδημαϊκούς και ερευνητικούς φορείς της Eλλάδας και του εξωτερικού, όπως είναι το Πανεπιστήμιο Αθηνών, το Πανεπιστήμιο Κρήτης, το Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών, το Κέντρο για τη Μελέτη της Αρχαίας Μεσσήνης, η Ακαδημία Γραμμάτων και Επιστημών της Βιέννης, το Κέντρο Ελληνικών Σπουδών του Πανεπιστημίου του Χάρβαρντ. Τέλος, μέλη του τμήματος συμμετέχουν συχνά σε διεθνή επιστημονικά συνέδρια με ανακοινώσεις και διαλέξεις. Κατά το τρέχον έτος ιστορικοί πήραν μέρος σε διάφορα συνέδρια, όπως στο Συνέδριο του Exeter για την Oικονομία στη Μικρά Ασία της Pωμαϊκής περιόδου, με δύο ανακοινώσεις, στο Συνέδριο για τη Μαύρη Θάλασσα, στο Συνέδριο για τις Εφαρμογές των Ηλεκτρονικών Υπολογιστών στην Αρχαιολογία, στο 7ο Συνέδριο Ευρωπαίων Αρχαιολόγων, στο Συνέδριο Ευρωπαϊκής Εταιρείας Νεοελληνικών Σπουδών, με δύο ανακοινώσεις, καθώς και σε Συνέδριο στο Πανεπιστήμιο του Βερολίνου σχετικά με την κοινωνική διαστρωμάτωση στην περιοχή της Ανατολικής Μεσογείου κατά τη Nεότερη περίοδο.

Oι νέες τεχνολογίες κατακτούν τα τελευταία χρόνια όλο και περισσότερους τομείς της καθημερινής ζωής, της εκπαίδευσης και της έρευνας. Το τμήμα Ιστορίας φροντίζει ώστε οι εφαρμογές τους να υπηρετούν κατά τον καλύτερο δυνατό τρόπο την ιστορική ακρίβεια, την κατανόηση περίπλοκων πολιτισμικών φαινομένων και την ανάδειξη των σύγχρονων προβληματισμών της ιστορικής έρευνας. Eπίσης, το τμήμα εκφράζει και υλοποιεί την καίρια συνιστώσα των σκοπών του ΙΜΕ, που είναι η καταγραφή, διάσωση και διάδοση του ελληνικού πολιτισμού μέσω της κατάλληλης και ισορροπημένης χρήσης των δυνατοτήτων που παρέχουν οι τεχνολογίες αιχμής.