Το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας, και συγκεκριμένα οι αρχαιολόγοι δρ. Θάνος Σίδερης, Ζέτα Καλογεροπούλου, Γκέντσο Μπάνεβ και δρ. Γιάννης Γεωργανάς, έχουν συμμετάσχει, στελεχώσει και οργανώσει τις μέχρι τώρα ανασκαφικές δράσεις του ΙΜΕ. Στην περιοχή του Ταύρου, στους χώρους του Κέντρου Πολιτισμού «Ελληνικός Κόσμος», ήρθε στο φως το καλοκαίρι του 2007 μεσαιωνικό πατητήρι υπό την επίβλεψη της 1ης Βυζαντινής Εφορείας Αρχαιοτήτων, το οποίο με φροντίδα και έξοδα του ΙΜΕ θα διατηρηθεί και θα προβληθεί στη θέση όπου βρέθηκε. Επίσης, από το καλοκαίρι του 2009, το ΙΜΕ διενεργεί συστηματική ανασκαφή από κοινού με το Αρχαιολογικό Ινστιτούτο της Ακαδημίας Επιστημών της Βουλγαρίας στη Χάλκα Μπουνάρ, δήμος Μπράτια Ντασκάλοβι, περιφέρεια Στάρα Ζαγόρα της Βουλγαρίας.