Έργο του τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας είναι η ιστορική και αρχαιολογική έρευνα για τον ελληνικό πολιτισμό σε όλες τις εκφάνσεις του μέσα στο χώρο και το χρόνο, καθώς και η προσαρμογή και ο έλεγχος της ιστορικής και πολιτισμικής πληροφορίας ανάλογα με το μέσο, το σκοπό και το κοινό στο οποίο απευθύνεται ξεχωριστά κάθε έργο του ΙΜΕ. Τέλος, το τμήμα φροντίζει για την τεκμηρίωση, με εικόνες ιστορικού και αρχαιολογικού περιεχομένου όλων των έργων, όπου αυτή απαιτείται. Για την υλοποίηση του έργου του συνεργάζεται στενά με το σύνολο σχεδόν των τμημάτων παραγωγής του ΙΜΕ. Στο κέντρο του ενδιαφέροντος βρίσκεται η ακαδημαϊκού χαρακτήρα έρευνα για σημαντικά έργα, κυρίως δικτυακής αλλά και έντυπης μορφής. Το τμήμα έχει την ευθύνη περιεχομένου για τις επιστημονικές εκδόσεις του ΙΜΕ, ενώ παράλληλα συμμετέχει συστηματικά και σε ηλεκτρονικές ή συμβατικές εκδόσεις έργων για το ευρύ κοινό.

Το τμήμα μελετά και φροντίζει για την οργάνωση και επιστημονική διαχείριση των φυσικών συλλογών του ΙΜΕ (νομισματική συλλογή, βυζαντινά εκθέματα) και επίσης για την οργάνωση, τη διενέργεια και τη δημοσίευση των ανασκαφικών δράσεων του ΙΜΕ. Συμβάλλει, με παροχή ιστορικής και πολιτισμικής πληροφορίας, τόσο στην επιλογή και οργάνωση εκθέσεων όσο και στην ανάπτυξη εκπαιδευτικών προγραμμάτων και στην οργάνωση συνεδρίων. Φέρει την ευθύνη για την επιστημονική ορθότητα των αρχαιολογικών αναπαραστάσεων Εικονικής Πραγματικότητας του ΙΜΕ και συμμετέχει σταθερά σε ευρωπαϊκά και εθνικά προγράμματα που προωθούν, είτε με πρωτογενή έρευνα είτε με πρωτότυπες εφαρμογές, τη συνέργεια μεταξύ ιστορίας και αρχαιολογίας και των ψηφιακών τεχνολογιών.

Το τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας στελεχώνεται από έμπειρους και υψηλής εξειδίκευσης ιστορικούς, αρχαιολόγους και κοινωνικούς ανθρωπολόγους και συνεργάζεται τόσο με μεμονωμένους ερευνητές όσο και με πανεπιστήμια και άλλους δημόσιους και ιδιωτικούς οργανισμούς στην Ελλάδα και σε ολόκληρο τον κόσμο.

Ιστορικοί και αρχαιολόγοι δραστηριοποιούνταν είτε ως σύμβουλοι είτε ως στελέχη του ΙΜΕ από την αρχή της λειτουργίας του και κατά καιρούς σε διάφορα τμήματα (Διαδίκτυο, Τράπεζα Πληροφοριών). Το τμήμα ωστόσο συστάθηκε το 2001 ως τμήμα Ιστορίας και μετονομάστηκε το 2007 σε τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας.