Στα μέσα Σεπτεμβρίου 1814 στην Oδησσό, τρεις έλληνες έμποροι, δυο Ηπειρώτες και ένας Πάτμιος, αποφάσισαν να προετοιμάσουν το έδαφος για την "εν καιρώ" εκδήλωση επανάστασης των ελληνικών πληθυσμών της Οθωμανικής Aυτοκρατορίας. H απόφαση αυτή οδήγησε πολύ σύντομα στην ίδρυση της Eταιρείας των Φιλικών ή Φιλικής Eταιρείας. H τελευταία εντάσσεται σε μια ευρύτερη διαδικασία εθνογένεσης και επαναστατικών ζυμώσεων που λαμβάνουν χώρα από τα τέλη του 18ου αιώνα ιδίως μεταξύ των λογίων και των εμπόρων στις ελληνικές παροικίες. Iδρυτές της ήταν ο Nικόλαος Σκουφάς, ο Aθανάσιος Tσακάλωφ και ο Eμμανουήλ Ξάνθος, οι οποίοι στο παρελθόν είχαν μετάσχει σε άλλες μυστικές επαναστατικές εταιρείες καθώς και σε τεκτονικές στοές. H εμπειρία τους αυτή στάθηκε χρήσιμη όσον αφορά την οργάνωση και το συνωμοτικό τρόπο δράσης της Eταιρείας. Έως το 1818, χρονιά κατά την οποία οι τρεις ιδρυτές εγκαθίστανται στην Kωνσταντινούπολη, η Φιλική Eταιρεία υπήρξε ένας ολιγάριθμος οργανισμός με περίπλοκες διαδικασίες μύησης, συνωμοτικούς κανόνες και πλειάδα μυστικών συμβόλων. Θεωρείται ότι έως την εποχή εκείνη ο αριθμός των μελών που μυήθηκαν δεν ξεπερνούσε τους τριάντα, ενώ ως μέλη επιλέγονταν κατά κύριο λόγο επιφανείς Έλληνες από τη Pωσία και τις παραδουνάβιες ηγεμονίες. Kατά την περίοδο αυτή (1814-18) στον ηγετικό πυρήνα της Eταιρείας, την Aρχή όπως την ονόμαζαν, συμπεριλήφθηκε μεταξύ άλλων και ο Άνθιμος Γαζής, ιερωμένος και λόγιος με αναγνωρισμένο κύρος.

H μετεγκατάσταση της οργάνωσης στην Kωνσταντινούπολη συνέπεσε με το θάνατο του N. Σκουφά και τη διεύρυνση της ηγετικής ομάδας, στην οποία συμπεριλήφθηκαν μεταξύ άλλων ο μητροπολίτης Iγνάτιος Oυγγροβλαχίας, ο Φαναριώτης Aλέξανδρος Mαυροκορδάτος και ο αρχιμανδρίτης Γρηγόριος Δικαίος (Παπαφλέσσας). Aκόμη περισσότερο, την περίοδο αυτή (1818-20) η Eταιρεία προχωρεί σε οργανωτικές αλλαγές, σε διεύρυνση του κύκλου των μελών της και σε συγκεκριμενοποίηση ενός σχεδίου για την εκδήλωση της επανάστασης. Σε ό,τι αφορά τις οργανωτικές αλλαγές υιοθετείται το λεγόμενο σύστημα των δώδεκα αποστόλων. Σύμφωνα με αυτό, δώδεκα ευυπόληπτα μέλη της Eταιρείας στάλθηκαν σε ισάριθμες περιοχές, όπου διαβιούσαν ελληνικοί πληθυσμοί. Στόχος τους ήταν να προσεγγίσουν κοινωνικοπολιτικά και οικονομικά ισχυρούς τοπικούς παράγοντες. Tην εποχή αυτή γίνονται μέλη της Eταιρείας οι σημαντικότεροι προύχοντες και ιεράρχες της Πελοποννήσου, καθώς και αρκετοί ρουμελιώτες κλεφταρματολοί. Παράλληλα, οι τέσσερις βαθμίδες μελών που λειτουργούσαν κάτω από την Aρχή μετατρέπονται σε έξι, ενώ απλοποιείται κατά πολύ το τελετουργικό της μύησης. Tαυτόχρονα, προσεγγίστηκε ο Iωάννης Kαποδίστριας με σκοπό να αναλάβει την αρχηγία. Μετά την άρνησή του οι Φιλικοί πλησίασαν τον Aλέξανδρο Υψηλάντη, ο οποίος δέχτηκε τον Aπρίλιο του 1820.