Η ελληνοτουρκική συνθήκη ειρήνης του 1897 αναγνώρισε την αυτονομία της Κρήτης υπό την υψηλή κυριαρχία της Πύλης, ενώ Ύπατος Αρμοστής διορίστηκε με κοινή συμμαχική απόφαση ο πρίγκηπας Γεώργιος.

Πράγματι, στις 9 Δεκεμβρίου 1898 ο πρίγκηπας αποβιβάστηκε στο νησί, ενώ την προηγούμενη είχε αποχωρήσει ο τουρκικός στρατός. Δύο μήνες αργότερα έγινε η πανηγυρική πρώτη συνεδρίαση της Κρητικής Συνέλευσης που αποτελούνταν από 138 χριστιανούς και 50 μουσουλμάνους πληρεξουσίους, οι οποίοι αναδείχτηκαν κατόπιν εκλογών. Σύντομα η Συνέλευση ψήφισε το "Σύνταγμα της Κρητικής Πολιτείας", ενώ η διορισμένη από τον πρίγκηπα πρώτη πολιτική κυβέρνηση άρχισε το έργο της.

Το αυτόνομο καθεστώς που εγκαθιδρύθηκε θεωρήθηκε μεταβατικό και δεν τερμάτισε σε καμία περίπτωση την προσπάθεια των Κρητικών για την Ένωση του νησιού με την Ελλάδα. Εξάλλου, οι εσωτερικές δυσλειτουργίες και τα μεγάλα οικονομικά προβλήματα του νέου κράτους συντελούσαν επίσης στον προσανατολισμό προς την Ένωση. Ο πόθος όμως της Ένωσης που εξακολούθησε να διακατέχει τους έλληνες κατοίκους του νησιού προσέκρουε σταθερά στη διαφορετική διπλωματική διευθέτηση του ευρύτερου Ανατολικού Ζητήματος, μέρος του οποίου αποτελούσε και το Κρητικό. Η Αθήνα από την άλλη δεν μπορούσε να αναλάβει καμιά ουσιαστική πρωτοβουλία στο Κρητικό δεδομένης της κατάστασης μετά την ήττα, της στρατιωτικής ανεπάρκειας και της οικονομικής καταστροφής. Μπορούσε μόνο να ενθαρρύνει έμμεσα την ενωτική ιδέα, αφήνοντας στο Γεώργιο την αρμοδιότητα των σχετικών διπλωματικών ενεργειών.

Η μεθόδευση της Ένωσης έγινε η αιτία να εκδηλωθεί διάσταση ανάμεσα στον πρίγκηπα και στο σύμβουλο της Δικαιοσύνης Ελευθέριο Βενιζέλο.

Ο τελευταίος υποστήριζε την ολοκληρωμένη αυτονομία του νησιού ως ασφαλέστερο μέσο για την επίτευξη της Ένωσης την κατάλληλη στιγμή και αυτή την πρόταση εισηγήθηκε στον πρίγκηπα ήδη το καλοκαίρι του 1900. Ο Ύπατος Αρμοστής αντέδρασε στις προτάσεις του Βενιζέλου, πράγμα που δεν εμπόδισε τον τελευταίο να επαναφέρει ανεπίσημα την πρότασή του στο Ηγεμονικό Συμβούλιο το Μάρτιο του 1901. Ο πρίγκηπας Γεώργιος αποφάσισε την απόλυση του συμβούλου του.
Γρήγορα όμως, παρά τη φιλοπριγκηπική ατμόσφαιρα στην Κρήτη και τη γενική συμπόρευση μαζί του ως προς το χειρισμό του εθνικού αιτήματος η στασιμότητα στο διπλωματικό πεδίο, η αυταρχική και συγκεντρωτική στάση του πρίγκηπα και τα προβλήματα στην εφαρμογή του Συντάγματος, τη διοίκηση και την οικονομία, συγκέντρωσαν γρήγορα τα αντιπολιτευτικά πυρά εναντίον του. Το αίτημα για φιλελευθεροποίηση της Κρητικής Πολιτείας, πρόγραμμα που εκπροσωπούσε ο Ελευθέριος Βενιζέλος, στήριζαν κυρίως οι κάτοικοι των αστικών κέντρων, οι επιστήμονες, οι έμποροι, οι διοικητικοί λειτουργοί και οι ελεύθεροι επαγγελματίες.
Η άρνηση του πρίγκηπα να συνδιαλαγεί με τις αντιπολιτευτικές δυνάμεις οδήγησε στην κήρυξη στις 10 Μαρτίου 1905 στο χωριό Θέρισο ένοπλου επαναστατικού κινήματος με αιτήματα την Ένωση και την ομαλή λειτουργία του πολιτεύματος. Η οκτάμηνη επαναστατική δραστηριότητα τερματίστηκε με συμβιβαστική διευθέτηση που προέβλεπε την παροχή αμνηστίας, την επίβλεψη της αρμοστειακής διοίκησης από τις διεθνείς αρχές και την κάθοδο στο νησί διεθνούς εξεταστικής επιτροπής για την πορεία του νέου κράτους.