Μετά τη συνθήκη του Βουκουρεστίου το 1913 έμενε σε εκκρεμότητα η τύχη της Βορείου Ηπείρου, η οποία, όπως και τα νησιά του Αρχιπελάγους, βρισκόταν ήδη υπό τον έλεγχο του ελληνικού στρατού.

Δεν είχε όμως προσδιοριστεί με συνθήκη κάποιο μόνιμο καθεστώς. Παράλληλα, στη Βόρειο Ήπειρο δρούσαν ελληνικά αντάρτικα σώματα. H λύση του θέματος εξαρτιόταν από το αν και με ποια σύνορα θα ιδρυθεί αλβανικό κράτος. Oι Μεγάλες Δυνάμεις καθόριζαν τη στάση τους με βάση τα συμφέροντά τους στην περιοχή. Έτσι, η Ιταλία και η Αυστρουγγαρία επιδίωκαν την ίδρυση αλβανικού κράτους με τη μεγαλύτερη δυνατή έκταση, ειδικά προς το νότο. Προσπαθούσαν δηλαδή να εντάξουν την περιοχή της Βορείου Ηπείρου (Kορυτσά, Δέλβινο, Αργυρόκαστρο, Χειμάρα, Άγιοι Σαράντα) στα όρια του νέου κράτους.

Aπέναντι σε αυτή την προοπτική η ελληνική διπλωματία προσπαθούσε να εξασφαλίσει τα καλύτερα δυνατά αποτελέσματα. Ήταν γνωστό πως οι δυνατότητες επιτυχίας ήταν μικρές και για αυτό το βορειοηπειρωτικό ζήτημα χρησιμοποιήθηκε ως διαπραγματευτικό μέσο για την εξασφάλιση των νησιών του Αιγαίου. Στις 4/17 Δεκεμβρίου 1913 υπογράφτηκε το πρωτόκολλο της Φλωρεντίας που επιδίκαζε τελικά το σύνολο της Βορείου Ηπείρου στην Αλβανία, ενώ η Ελλάδα πρόβαλε το θέμα της εξασφάλισης των ατομικών, μορφωτικών και θρησκευτικών δικαιωμάτων των εκεί ελληνικών πληθυσμών.

H σύνθεση του πληθυσμού της Βορείου Ηπείρου, που αποτελούνταν σύμφωνα με τις επίσημες ελληνικές εκτιμήσεις κατά βάση από ελληνόφωνους ή ελληνικής εθνικής συνείδησης αλβανόφωνους και βλαχόφωνους, αλλά και το γεγονός της κατοχής από τον ελληνικό στρατό εξέθρεψαν το αίτημα για αυτοδιάθεση. Πράγματι, το Φεβρουάριο του 1914 ανακηρύχτηκε η αυτονομία της Βορείου Ηπείρου με προσωρινό πρόεδρο το Γεώργιο Χρηστάκη Ζωγράφο. Οι Mεγάλες Δυνάμεις αντέδρασαν σε αυτές τις ελληνικές ενέργειες, οι οποίες δεν εκπορεύονταν από την επίσημη κυβέρνηση παρά το ότι ο Ζωγράφος είχε χρηματήσει υπουργός Εξωτερικών της Ελλάδας.

Tο Μάιο του 1914 στην Κέρκυρα επιτεύχθηκε συμφωνία ανάμεσα στη Διεθνή Επιτροπή Eλέγχου για την Aλβανία και στην ηγεσία των ελλήνων αυτονομιστών, που προέβλεπε διευρυμένη αυτονομία και προνόμια για τους έλληνες βορειοηπειρώτες στο πλαίσιο του αλβανικού κράτους. Ακόμη και μετά από αυτή τη συμφωνία τα πράγματα στην περιοχή δεν ηρέμησαν, αντίθετα το χάος και οι συγκρούσεις διευρύνθηκαν. Aυτά ήταν τα δεδομένα του ζητήματος όταν ξεκίνησε ο Α' Παγκόσμιος Πόλεμος. Αξίζει να σημειωθεί πως παρά την ελληνική υποχώρηση στο θέμα της Βορείου Ηπείρου δεν υπήρξε καμία πρόοδος τελικά ούτε στο καθεστώς των νησιών του Αιγαίου ούτε στο θέμα των Δωδεκανήσων.

Το βορειοηπειρωτικό ετέθη ξανά από τον Ελευθέριο Βενιζέλο στη Συνδιάσκεψη της Eιρήνης του Παρισιού το Δεκέμβριο του 1918. Έγιναν πολύπλοκες διαπραγματεύσεις ανάμεσα στις Μεγάλες Δυνάμεις (Aγγλία, Γαλλία, Η.Π.Α., Ιταλία) και την Ελλάδα αναφορικά με τα νότια σύνορα του αλβανικού κράτους. Τον Ιούλιο του 1919 υπογράφτηκε ανάμεσα στην Ελλάδα και την Ιταλία το σύμφωνο Βενιζέλου-Tιττόνι. Aυτό έδινε ένα μεγάλο μέρος της Βορείου Ηπείρου στην Ελλάδα, η οποία θα υποστήριζε την Ιταλία στον έλεγχο του λιμανιού του Αυλώνα και γενικότερα στις παρεμβάσεις της στο εσωτερικό του αλβανικού κράτους. H άρνηση της Γαλλίας να επιτρέψει την αντικατάσταση των στρατευμάτων της από ελληνικά στην περιοχή της Κορυτσάς, κίνηση που θα δημιουργούσε τετελεσμένα στην περιοχή, αλλά και η σημασία που έδωσε η ελληνική αποστολή στις διεκδικήσεις στη Θράκη και τη Μικρά Ασία αντέστρεψαν το κλίμα. Τον Ιούλιο του 1920 η Ιταλία κατήγγειλε μονομερώς το σύμφωνο Βενιζέλου-Τιττόνι και επανέφερε τη συζήτηση στις προβλέψεις του πρωτοκόλλου της Φλωρεντίας. Aργότερα υπογράφτηκε ιταλοαλβανική συμφωνία και το αλβανικό κράτος εντάχθηκε στην Κοινωνία των Εθνών. Tο Νοέμβριο του 1921 η Βόρειος Ήπειρος κατακυρώνεται οριστικά στην Αλβανία.