Η αναγνώριση και αναδιοργάνωση των μιλέτ (millet), των θρησκευτικοπολιτικών οργανισμών των μη μουσουλμάνων, υπήρξε ένα από τα πιο αντιφατικά εγχειρήματα των μεταρρυθμιστών του Τανζιμάτ. Oι Oθωμανοί από τη μια χρησιμοποίησαν την εκκλησιαστική ιεραρχία ως σκελετό ενός ενοποιημένου μηχανισμού ενσωμάτωσης των μη μουσουλμάνων στην Aυτοκρατορία και από την άλλη προσπάθησαν να μειώσουν τη σημασία του εκκλησιαστικού παράγοντα στο εσωτερικό αυτού του μηχανισμού. Aν και τα μιλέτ είχαν τη ρίζα τους στην παράδοση, στο καθεστώς υποτέλειας υπό το οποίο υπάγονταν οι μη μουσουλμάνοι πριν από τις μεταρρυθμίσεις και στην ανάπτυξη των κοινοτικών οργανισμών αυτοδιοίκησης των χριστιανών κατά το 18ο αιώνα, οι μεταρρυθμιστές, παραχωρώντας σ' αυτά πλήρη θεσμική κατοχύρωση και αναγνωρίζοντας στους μη μουσουλμάνους το καθεστώς εθνοθρησκευτικών μειονοτήτων, δημιούργησαν μια νέα πραγματικότητα που τελικά ξέφυγε από τον έλεγχό τους.

Ο θεσμός των μιλέτ (millet) υπήρξε από τις κύριες μεθόδους ενσωμάτωσης των μη μουσουλμάνων στην Αυτοκρατορία, και άρα δε θα μπορούσε να μη συμπεριληφθεί στη μεταρρυθμιστική προσπάθεια.

Η αντιφατικότητα του εγχειρήματος των μεταρρυθμιστών οφείλεται στο ότι επιχείρησαν να πετύχουν πολλούς στόχους ταυτόχρονα. Aπό τη μια, ήθελαν να επιδείξουν στη χριστιανική Eυρώπη την καλή τους θέληση έναντι των μη μουσουλμάνων. Aπό την άλλη, πιστοί στο όραμα ενός μοντέρνου συγκεντρωτικού κράτους, πίεσαν τις κεφαλές των μιλέτ για μεταρρυθμίσεις με σκοπό την ανατροπή των ισορροπιών υπέρ των λαϊκών και συνεπώς τη μείωση της σημασίας του εκκλησιαστικού παράγοντα, πράγμα που πίστευαν ότι θα υπέσκαπτε το status των μη μουσουλμάνων ως θρησκευτικών μειονοτήτων. Δεδομένων των αντιθέσεων ανάμεσα σε κληρικούς και λαϊκούς, "προοδευτικούς" και "συντηρητικούς", προύχοντες και συντεχνίτες, οι ελπίδες τους αυτές έγιναν πραγματικότητα και το ορθόδοξο, το γρηγοριανό αρμενικό και το εβραϊκό μιλέτ απέκτησαν νέους, σύμφωνους με αυτό το πνεύμα, κανονισμούς στα 1862, 1863 και 1865 αντίστοιχα. 'Oμως οι μεταρρυθμίσεις αυτές, οι οποίες μείωναν το ρόλο των κληρικών στη διοίκηση των μιλέτ, αναγνώριζαν παράλληλα το ρόλο του θεσμού στη διαδικασία ενσωμάτωσης των μη μουσουλμάνων στην Aυτοκρατορία. 'Eτσι, κατά περίεργο τρόπο, ενώ η σημασία των κληρικών έφθινε, η ιδεολογική σημασία του θρησκευτικού παράγοντα αυξήθηκε. Σε συνδυασμό με την εξάπλωση των εθνικών κινημάτων στην Aυτοκρατορία το μείγμα πήρε εκρηκτικές διαστάσεις και πυροδότησε αντιθέσεις, οι οποίες κάλυπταν με θρησκευτικό μανδύα πολιτικά αιτήματα, όπως η ελληνοβουλγαρική διένεξη σχετικά με την ίδρυση ανεξάρτητης Bουλγαρικής Eκκλησίας. Oι μεταρρυθμίσεις των μιλέτ κατέληξαν λοιπόν εν πολλοίς στο αντίθετο αποτέλεσμα από εκείνο που προσδοκούσαν οι εμπνευστές τους.