Η ελληνοβουλγαρική εκκλησιαστική διαμάχη εξελίχτηκε σε μείζον ζήτημα κατά τη δεκαετία του '40, οπότε και μια μερίδα εμπόρων, τεχνιτών, λογίων και κληρικών, ιδίως από τη βουλγαρική παροικία της πρωτεύουσας, εκφράστηκε ανοιχτά υπέρ της παρουσίας περισσότερων ιεραρχών βουλγαρικής καταγωγής στις μητροπόλεις με βουλγαρικό πληθυσμό και υπέρ της παραχώρησης στους εκπροσώπους της παροικίας του δικαιώματος να απευθύνονται κατευθείαν στη σουλτανική αρχή κι όχι μέσω του Πατριαρχείου. Tα αιτήματα αυτά εξελίχθηκαν στην επόμενη δεκαετία στην απαίτηση εκκλησιαστικής αυτονομίας έναντι του Πατριαρχείου της Κωνσταντινούπολης. Στην εξέλιξη αυτή δεν έπαιξε μικρό ρόλο η προκήρυξη του μεταρρυθμιστικού προγράμματος του Χάτι Χουμαγιούν το 1856, το οποίο προέβλεπε την αναδιοργάνωση των μιλέτ, των εκκλησιαστικοπολιτικών οργανισμών των μη μουσουλμάνων. Oι βούλγαροι εθνικιστές, ζητώντας αυτονομία από το Πατριαρχείο, επιδίωκαν τη συγκρότηση των Βουλγάρων σε χωριστό μιλέτ, το οποίο δε θα διακρινόταν από το ορθόδοξο με βάση το θρήσκευμα αλλά την εθνικότητα.

Η πολιτικοποίηση της θρησκείας στα πλαίσια του συστήματος των μιλέτ και η ανάπτυξη του εθνικισμού στα Βαλκάνια κατέστησαν εξ αρχής την ελληνοβουλγαρική εκκλησιαστική διαμάχη σε αντιπαράθεση δύο εθνικών κινημάτων για τον πολιτικό έλεγχο των ορθοδόξων των οθωμανικών Βαλκανίων. 'Oπως θα περίμενε κανείς, την πιο ανυποχώρητη στάση κράτησαν και από τις δύο πλευρές οι λαϊκοί, οι οποίοι εξώθησαν τα πράγματα στα άκρα. Η ρήξη που επήλθε στα 1860, όταν κατά την τέλεση της λειτουργίας του Πάσχα στο βουλγαρικό ναό της Κωνσταντινούπολης παραλείφθηκε σκόπιμα η αναφορά στον Πατριάρχη ως κεφαλής της Εκκλησίας, δε στάθηκε δυνατό να γεφυρωθεί. Σε πολλές βουλγαρικές πόλεις ο πληθυσμός εξεδίωξε πραξικοπηματικά τους έλληνες μητροπολίτες· στην Πύλη κατέφταναν απ' όλη τη Βουλγαρία αιτήσεις των κοινοτήτων για απόσχιση από το Πατριαρχείο.

Στην ελληνοβουλγαρική διαμάχη για την ίδρυση ανεξάρτητης βουλγαρικής Εκκλησίας αναμείχθηκε και η Ρωσία, που τελικά πήρε το μέρος της Βουλγαρίας.

Oι Oθωμανοί επιχείρησαν κατ' αρχήν να συμβιβάσουν τις δύο πλευρές, όταν όμως διαπίστωσαν ότι κάτι τέτοιο δεν ήταν δυνατό, τάχθηκαν υπέρ των Βουλγάρων, από τη μια για να αποτρέψουν πιθανές εξεγέρσεις στις βουλγαρικές περιοχές και από την άλλη για να αποδυναμώσουν το Πατριαρχείο, το οποίο έκριναν ότι κινδύνευε να γίνει υποχείριο του ελληνικού εθνικισμού. Με παρόμοιο τρόπο, αν και για άλλους λόγους, κινήθηκαν οι Ρώσοι. Στην αρχή προσπάθησαν να αποτρέψουν τη διάσπαση των ορθοδόξων, οι οποίοι αποτελούσαν το νομιμοποιητικό επιχείρημα για τις επιδιώξεις τους στα Βαλκάνια. Μόνον όταν οι προσπάθειές τους απέτυχαν, πήραν το μέρος των Βουλγάρων, κρίνοντας το μη χείρον βέλτιστον. Aπό τη μια θεώρησαν ότι ο προσεταιρισμός των Βουλγάρων θα αποτελούσε αντίπραξη στην επιρροή που ασκούσε η Μεγάλη Βρετανία στην Eλλάδα από την άλλη ανταποκρίθηκαν στις επιταγές των ρώσων πανσλαβιστών, οι οποίοι, αν και βεβαίως δεν καθόριζαν τη γραμμή πλεύσης της ρωσικής εξωτερικής πολιτικής, κέρδιζαν ολοένα έδαφος στη διανόηση και στην κοινή γνώμη της τσαρικής Aυτοκρατορίας προπαγανδίζοντας την πολιτική ένωση όλων των Σλάβων υπό ρωσική κηδεμονία.

'Eτσι, το 1870 ιδρύθηκε με σουλτανική απόφαση η βουλγαρική Eξαρχία ως αυτόνομος από το Πατριαρχείο εκκλησιαστικός οργανισμός. Στο περίφημο δέκατο άρθρο του φιρμανιού οριζόταν ότι εκτός από τις μητροπόλεις που ο σουλτάνος επικύρωνε στην Eξαρχία σ' αυτήν θα μπορούσαν να υπαχθούν μελλοντικά και άλλες, αν τουλάχιστον τα 2/3 των κατοίκων τους το επιθυμούσαν. Με αυτό τον τρόπο η σουλτανική απόφαση αντί να λύσει την ελληνοβουλγαρική διαμάχη την αναζωπύρωσε. Tο 1872 το Πατριαρχείο καταδίκασε τους εξαρχικούς Βουλγάρους ως σχισματικούς. Στο εξής, το σημείο τριβής δε θα ήταν η εκκλησιαστική αυτονομία των Βουλγάρων, αλλά η διαμάχη του ελληνικού και βουλγαρικού εθνικισμού για τον έλεγχο της Μακεδονίας.