Aν οι μεταρρυθμίσεις του Τανζιμάτ συνάντησαν ως επί το πλείστον ευρεία αποδοχή ανάμεσα στους μη μουσουλμάνους, από τους αγρότες ως τους διανοούμενους, η Εκκλησία δεν αντέδρασε με τον ίδιο τρόπο. Oι εξαγγελίες του Χάτι Χουμαγιούν (Ηatt-i Ηumayun) περί της αναδιοργάνωσης των μιλέτ (millet) με όρους μεγαλύτερης συμμετοχής των λαϊκών ανησύχησαν εύλογα τα εκκλησιαστικά στελέχη. Ωστόσο, τα περιθώρια αντίδρασής τους ήταν περιορισμένα, δεδομένης της αποφασιστικότητας των Oθωμανών να επιβάλουν στην Εκκλησία το μεταρρυθμιστικό αυτό πρόγραμμα, το οποίο θα μπορούσε να παρουσιαστεί έναντι της Eυρώπης ως μία απόδειξη της θέλησης της Πύλης όχι μόνο να σεβαστεί και να επικυρώσει τα δικαιώματα αυτοδιοίκησης των μη μουσουλμάνων, αλλά και να προβεί στον "εκδημοκρατισμό" των πολιτικοθρησκευτικών τους οργανώσεων "σύμφωνα με την πρόοδο του πολιτισμού", απελευθερώνοντάς τα από αυτό που στη Δυτική Eυρώπη γινόταν στερεοτυπικά αντιληπτό ως κυριαρχία ενός διεφθαρμένου και ιδιοτελούς κλήρου. Έτσι, η ισορροπία ανάμεσα σε κληρικούς και λαϊκούς στη διοίκηση των μιλέτ μεταβλήθηκε (λιγότερο στο ορθόδοξο και το εβραϊκό, περισσότερο στο προτεσταντικό και γρηγοριανό αρμενικό) προς όφελος των δεύτερων.

Η αναγνώριση των μιλέτ (millet) ως πολιτικοθρησκευτικών οργανισμών υποβοήθησε την εμφάνιση εθνικιστικών αιτημάτων με τη μορφή εκκλησιαστικών διαμαχών, όπως στην περίπτωση των Βουλγάρων.

'Oμως η μεταρρύθμιση και επισημοποίηση των μιλέτ ως πολιτικοθρησκευτικών οργανισμών υποβοήθησε, παρά τη σχετική αποδυνάμωση των κληρικών (ή μάλλον εξαιτίας της), την ενσωμάτωση του θρησκευτικού παράγοντα ως ιδεολογικής συνιστώσας στον κοσμικό εθνικιστικό λόγο. 'Eτσι δεν είναι τυχαίο που, όταν το βουλγαρικό εθνικό κίνημα εμφανίστηκε στα μέσα του 19ου αιώνα ως αίτημα εκκλησιαστικής αυτονομίας από το Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως, τούτο έγινε αντιληπτό από την άλλη πλευρά ως πλήγμα τόσο κατά της Ορθόδοξης Εκκλησίας όσο και κατά του Ελληνισμού. Aν και η σημασία των κληρικών ως ρυθμιστών των εξελίξεων έφθινε, η σημασία τους ως πόλων ιδεολογικής συσπείρωσης μεγάλωνε. Με αυτόν τον τρόπο και παρά τις επιδιώξεις των μεταρρυθμιστών οι ανώτεροι κληρικοί από τη μια αποζημιώθηκαν κατά κάποιο τρόπο για τη σχετική τους αποδυνάμωση στα όργανα των μιλέτ και από την άλλη κάνοντας την ανάγκη φιλοτιμία άρχισαν να φαίνονται όλο και πιο ενδοτικοί στα εθνικά αιτήματα, χωρίς ωστόσο να απεμπολούν εύκολα την παραδοσιακή τους νομιμοφροσύνη προς το οθωμανικό καθεστώς.