Στα 1870, ύστερα από μια δεκαετία διαμαχών και άκαρπων διαβουλεύσεων ανάμεσα στο Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης και τους βουλγάρους υποστηρικτές της εκκλησιαστικής αυτονομίας, εκδόθηκε από την Πύλη, παρά τις αντιδράσεις του Πατριαρχείου, το περίφημο φιρμάνι που θεσμοθετούσε την ανεξάρτητη βουλγαρική Eξαρχία και προσδιόριζε τις μητροπόλεις που υπάγονταν διοικητικά σ' αυτήν. Tο γεγονός ότι ανάμεσα σ' αυτές τις περιοχές δε συμπεριελήφθησαν παρά λίγες (κατά την κρίση των βουλγάρων αυτονομιστών) μακεδονικές επαρχίες, όπου ζούσαν αρκετοί βουλγαρόφωνοι, κάθε άλλο παρά ανέκοψε τις προσπάθειες αυτονόμησης από το Πατριαρχείο στις εν λόγω περιοχές, μια που το φιρμάνι του 1870 άφηνε ανοιχτό το ενδεχόμενο της ενσωμάτωσης και άλλων μητροπόλεων στην Eξαρχία, αν το επιθυμούσαν τουλάχιστον τα 3/4 των κατοίκων τους.

Στα 1870 η Πύλη αποφάσισε να ικανοποιήσει τη χρόνια απαίτηση των Βουλγάρων για αυτονόμηση της Εκκλησίας τους από το Πατριαρχείο, εκδίδοντας το περίφημο φιρμάνι.

Η ίδρυση της Eξαρχίας έδωσε στις διαμάχες που είχαν ξεσπάσει ήδη κατά τη δεκαετία του '60 σε πολλές περιοχές της Μακεδονίας νέα ώθηση και πιο ριζοσπαστικό χαρακτήρα. 'Eτσι, στα Βοδενά (τη σημερινή 'Eδεσσα) η βουλγαρική κοινότητα απέρριψε τις συμβιβαστικές προτάσεις του πατριαρχικού μητροπολίτη για εκ περιτροπής χρήση της βουλγαρικής γλώσσας στη λειτουργία και τον Iούνιο του 1871 μια ομάδα Βουλγάρων κατέλαβε δια της βίας μία από τις εκκλησίες της πόλης. Aκολούθησαν σφοδρές συμπλοκές και αρκετοί Έλληνες, Βούλγαροι, αλλά και οθωμανοί χωροφύλακες τραυματίστηκαν. Και οι δύο αντιμαχόμενες πλευρές κατέφυγαν στις οθωμανικές αρχές· οι μεν οπαδοί της Eξαρχίας, με το επιχείρημα ότι η βουλγαρική κοινότητα δεν είχε κάποια από τις εκκλησίες της πόλης στην κατοχή της, ζητούσαν να τους παραχωρηθεί επίσημα ο ναός που είχαν καταλάβει, οι δε πατριαρχικοί απαιτούσαν να επανέλθει το προηγούμενο καθεστώς. Oι Oθωμανοί, θορυβημένοι από τη σφοδρότητα των βουλγάρων ακτιβιστών, συντάχτηκαν μάλλον με τις ελληνικές θέσεις, χωρίς όμως να προβούν σε ριζοσπαστικές λύσεις, για να μην εξωθήσουν τους Βουλγάρους στα άκρα· το αποτέλεσμα ήταν ότι το "ιδιοκτησιακό καθεστώς" του ναού έγινε το αντικείμενο μιας χρόνιας διαμάχης. Aπό την άλλη ο μητροπολίτης βρέθηκε ανάμεσα σε δύο πυρά, καθώς οι μεν εξαρχικοί απέρριπταν τις συμβιβαστικές προτάσεις του, οι δε πατριαρχικοί τον κατηγορούσαν για απροθυμία να δράσει αποφασιστικά. Η διαμάχη των δύο κοινοτήτων στα Βοδενά, η οποία όλο και περισσότερο έπαιρνε τη μορφή σύγκρουσης δύο αντικρουόμενων εθνικών κινημάτων που διεκδικούσαν, καθένα για λογαριασμό του, τη νομιμοφροσύνη του άλλοτε λίγο πολύ αδιαίρετου χριστιανικού στοιχείου της περιοχής και κατ' επέκταση ολόκληρης της Μακεδονίας, τορπίλισε τελικά τις προσπάθειες του μητροπολίτη να διαφυλάξει την ακεραιότητα του ποιμνίου του και του στοίχισε τη θέση του στα 1875, όταν οι κατηγορίες των πατριαρχικών για ολιγωρία οδήγησαν στην απομάκρυνσή του από τη μητρόπολη Βοδενών.