Μαρμάρινοι Κίονες
Οι μαρμάρινοι κίονες αποτελούν μέρος της δομής, αλλά και της διακόσμησης του ναού. Λόγω της μεγάλης δυσκολίας εξόρυξης τόσο μεγάλου τεμαχίου μαρμάρου χωρίς κομμούς και ελαττώματα, αποτελούσαν είδος περιζήτητο και όταν, λόγω της κακής οικονομικής κατάστασης, έκλεισαν μετά τον 6ο αιώνα τα περισσότερα αρχαία λατομεία, πολλές φορές αφαιρούνταν κατά την μεσοβυζαντινή εποχή, και μετά, από παλαιότερα κτήρια και να επαναχρησιμοποιούνταν, πολλές φορές χωρίς καν να κατεδαφιστούν τα κτήρια αυτά. Στην Αγία Σοφία οι περισσότεροι κίονες είναι κόκκινοι (εικόνα 26) από πορφυρίτη λίθο, πράσινοι από τα λατομεία Χασάμπαλη της Λάρισσας (εικόνα 27) και υπόλευκοι από τα λατομεία της Προκοννήσου κοντά στην Κωνσταντινούπολη (εικόνα 28). Όλοι οι κίονες ανήκουν στην πρώτη φάση κατασκευής του κτηρίου, αλλά λόγω των δυσκολιών εξόρυξης, δεν είναι όμοιοι ακόμα και όταν τοποθετούνται σε αντίστοιχες θέσεις.
Κιονόκρανα
Αποτελούν τις ανώτερες απολήξεις των κιόνων και στην Αγία Σοφία αποτελούν κύριο στοιχείο της διακόσμησης. Είναι από λευκό μάρμαρο Προκοννήσου συνήθως λεβητοειδή με ιωνικές απολήξεις και με διάτρητο πολυτελή διάκοσμο (εικόνα 29). Ανήκουν όλα στην Ιουστινιάνεια περίοδο και φέρουν σε περίοπτη θέση το μονόγραμμα του Ιουστινιανού, καμιά φορά της Θεοδώρας ή τη λέξη βασιλεύς. Τα μονογράμματα αυτά αποτελούν συμπιλήματα των γραμμάτων της λέξης δύσκολα αναγνώσιμα (ή πολλές φορές αδιάγνωστα) ακόμα και από τους ειδικούς.
Ορθομαρμαρώσεις
Καλύπτουν τα κατώτερα τμήματα των τοίχων έως το σημείο που αρχίζουν τα ψηφιδωτά (εικόνα 30). Τα σημεία αυτά είναι πιο ευάλωτα λόγω της επαφής του πλήθους με αυτά και γιαυτό απαιτείται πιο ανθεκτικό υλικό. Όλες οι ορθομαρμαρώσεις του ισογείου και λιγότερο των υπερώων προέρχονται από την αρχική φάση του μνημείου. Τα μάρμαρα τοποθετούνται σε μεγάλους πίνακες και στερεώνονται στους τοίχους με μεταλλικά στηρίγματα και κονίαμα (εικόνα 31). Πολλές φορές το μάρμαρο σχίζεται στη μέση και τοποθετείται σαν ανοικτό βιβλίο (εικόνα 32). Στους βυζαντινούς άρεσε η πολυχρωμία και για το λόγο αυτό τοποθετούνταν μάρμαρα από διάφορες περιοχές σε επαφή και σε συνδυασμό με πολυτελή μαρμάρινα θυρώματα ώστε να δημιουργείται ένα διακοσμητικό αποτέλεσμα υψηλής ποιότητας (εικόνα 33). Σε ορισμένα σημεία αντί για μάρμαρα έχουν εντοιχιστεί μεταλλικές πλάκες με παραστάσεις (εικόνα 33α).
Δάπεδο
Αποτελείται από απλές πλάκες υπόλευκου μαρμάρου. Λόγω των επανειλημμένων πτώσεων του τρούλλου ασφαλώς έχει επισκευαστεί πολλές φορές, αλλά η αρχική του μορφή δεν θα ήταν πολύ διαφορετική από την σημερινή. Χωρίζεται με ταινίες από πράσινο μάρμαρο, ίσως για την οργάνωση των πιστών κατά την διάρκεια των λειτουργιών (εικόνα 34). Κοντά στον νοτιοανατολικό πεσσό προστέθηκε στην μεσοβυζαντινή εποχή ένα τμήμα που κοσμείται με μαρμαροθετημένο ομφάλιο πιθανόν του 14 ου αιώνα (εικόνες 35 και 36).
Τέμπλο
Δεν σώζεται. Από περιγραφές γνωρίζουμε ότι ήταν μαρμάρινο καλυμμένο με ασήμι και για το λόγο αυτό καθαιρέθηκε από τους σταυροφόρους μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1204 (εικόνα 37). Σχημάτιζε ένα Π σε κάτοψη και είχε δώδεκα κίονες και τρεις πόρτες, οι δύο στα πλάγια. Το τέμπλο αυτό δεν έμοιαζε με τα σημερινά είχε μόνο κίονες και θωράκια στο κάτω μέρος και επιστύλιο που συνέδεε του κίονες στο άνω μέρος. Πάνω στο επιστύλιο δε υπήρχαν ασημένια πολυκάντηλα. Κουρτίνες ή εικόνες δεν υπήρχαν που να κρύβουν τα δρώμενα στο Ιερό Βήμα ή τοποθετήθηκαν αργότερα.
Αγία Τράπεζα
Δεν σώζεται. Από περιγραφές γνωρίζουμε ότι ήταν μαρμάρινη στο κέντρο του Ιερού Βήματος και είχε χρυσή υπερυψωμένη βάση και ήταν καλυμμένη με ασήμι. Καλυπτόταν με κιβώριο στηριγμένο σε τέσσερις κίονες (εικόνα 38). Στην κορυφή του υπήρχε σταυρός.
Σύνθρονο
Δεν σώζεται. Στην κόγχη του ιερού υπήρχε αρχικά σύνθρονο, δηλαδή κλιμακωτής διάταξης καθίσματα για τους ιερείς κατά την διάρκεια της λειτουργίας. Στη μέση υπερυψωμένος θα ήταν ο θρόνος του Πατριάρχη περίπου (εικόνα 39). Ήταν κατά τις περιγραφές του Παύλου Σιλεντάριου καλυμμένο με ασήμι.
Άμβων
Δεν σώζεται. Από περιγραφές γνωρίζουμε ότι βρισκόταν κάτω από τον τρούλλο. Αποτελούσε μια υπερυψωμένη μαρμάρινη πλατφόρμα με περιμετρικά στηθαία στηριγμένη πάνω σε οκτώ κίονες που άφηναν χώρο για ψάλτες από κάτω. Συνδεόταν με υπερυψωμένη εξέδρα (σολέα) με την Ωραία Πύλη του Τέμπλου. Υπάρχουν πολλές προτεινόμενες αναπαραστάσεις του άμβωνα, αλλά επιλέχτηκε η εναργέστερη (εικόνα 40).
Μητατόριον
Δεν σώζεται. Φαίνεται ότι ήταν μια απομονωμένη από πετάσματα θέση στα νότια του ναού όπου ντύνονταν ή αποσύρονταν για να ξεκουραστεί ο αυτοκράτωρ (εικόνα 41).
